产品货号:
ALH029
中文名称:
细菌RNA提取试剂盒(柱式吸附去除DNA)
英文名称:
Bacterial total RNA Extraction Kit
产品规格:
50T
发货周期:
1~3天
产品价格:
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本试剂盒适用于从细菌/组织细胞快速提取总RNA,基于无苯酚、氯仿RNA快速提取技术,增加了基因组DNA清除柱,确保有效清除gDNA残留,得到的RNA不需要DNase消化,可直接用于反转录PCR、荧光定量PCR等实验。独特的裂解液迅速裂解细胞和灭活细胞RNA酶,然后裂解混合物通过一个基因组DNA清除柱,基因组DNA被清除而RNA穿透滤过。滤过的RNA用乙醇调节结合条件后,RNA在高离序盐状态下选择性吸附于离心柱内硅基质膜,再通过一系列快速的漂洗-离心的步骤,去蛋白液和漂洗液将细胞代谢物,蛋白等杂质去除,最后低盐的RNase free H2O将纯净RNA从硅基质膜上洗脱。
- 完全不使用有毒的苯酚,氯仿等试剂,也不需要乙醇沉淀等步骤。
- 快速,简捷,单个样品操作一般可在30分钟内完成。
- 基因组DNA清除柱技术确保有效清除gDNA残留,得到的RNA不需要DNase消化,可直接用于反转录PCR、荧光定量PCR等实验。
- 多次柱漂洗确保高纯度,OD260/OD280典型的比值达2.0~2.2,基本无DNA残留,可用于RT-PCR,Northern-blot和各种实验。
组分 | 规格 |
TE (PH8.0) | 6mL |
溶菌酶 | 20mg |
裂解液RLT Plus | 25mL |
去蛋白液RW1 | 40mL |
漂洗液RW | 10mL |
70%乙醇 | 9mL(RNase-free H2O) |
RNase-free H2O | 10mL |
基因组DNA清除柱和收集管 | 50套 |
RNase-free吸附柱RA和收集管 | 50套 |
保存:室温,其中溶菌酶需置于4℃,有效期1年。
- 所有的溶液应该是澄清的,如果环境温度低时溶液可能形成沉淀,此时不应该直接使用,可在37℃水浴加热几分钟,即可恢复澄清。
- 不合适的储存于低温(4℃或-20℃)会造成溶液沉淀,影响使用效果,因此运输和储存均在室温下(15~25℃)进行。
- 避免试剂长时间暴露于空气中产生挥发、氧化、pH值变化,各溶液使用后应及时盖紧盖子。
- 所有的离心步骤均在室温完成,使用转速可以达到13000rpm的传统台式离心机。
- 所样品处理量绝对不要超过基因组吸附柱DA和和RNA吸附柱RA处理能力,否则造成DNA残留或产量降低。开始摸索实验条件时,如果不清楚样品DNA/RNA含量时宁可使用较少的样品处理量,将来根据样品试验情况增加或者减少处理量。
- 裂解液RLT Plus和去蛋白液RW1中含有盐酸胍/异硫氰酸胍化合物,操作时要戴乳胶手套,避免沾染皮肤,眼睛和衣服。若沾染皮肤、眼睛时,要用大量清水或者生理盐水冲洗。
- 关于DNA的微量残留:
一般说来任何总RNA提取试剂在提取过程中无法完全避免DNA的微量残留,本试剂盒采用了独特的缓冲体系和选择了特殊吸附能力的吸附膜,在大多数RT-PCR扩增过程中极其微量的DNA残留(一般电泳EB染色紫外灯下观察不可见)影响不是很大,如果要进行严格的mRNA表达量分析如荧光定量PCR,我们建议在进行模板和引物的选择时:- 选用跨内含子的引物,以穿过mRNA中的连接,这样DNA就不能作为模板参与扩增反应。
- 选择基因组DNA和cDNA上扩增的产物大小不一样的引物对。
- 将RNA提取物用RNase-free的DNase I处理以提高效果。本试剂盒还可以用于DNase I处理后的RNA清洁,请联系我们索取具体操作说明书。
- 在步骤去蛋白液RW1漂洗前,直接在吸附柱RA上进行DNase I处理。请联系我们索取具体操作说明书(微量DNA柱式吸附清除试剂盒)。
- 选用跨内含子的引物,以穿过mRNA中的连接,这样DNA就不能作为模板参与扩增反应。
- RNA纯度及浓度检测:
- 完整性: RNA可用普通琼脂糖凝胶电泳(电泳条件:胶浓度1.2%;0.5×TBE电泳缓冲液;150V,15分钟)检测完整性。由于细菌中70%~80%的RNA为rRNA,电泳后UV下应能看到非常明显的rRNA条带。细菌rRNA大小分别约为5kb和2kb,分别相当于26S和13S rRNA。细菌RNA样品中最大rRNA亮度应为次大rRNA亮度的1.5~2.0倍,否则表示RNA样品的降解。出现弥散片状或条带消失表明样品严重降解。
- 纯度:OD260/OD280比值是衡量蛋白质污染程度的参考指标。高质量的RNA,OD260/OD280读数(10mM Tris,pH7.5)在2.1~2.2之间(100%纯的RNA比值一般是2.2左右,很多公司无法达到这个标准,所以1.9-2.0就凑合使用了,但是我们的产品标准一般可以达到2.1~2.2)。
- 浓度:取一定量的RNA提取物,用RNase-free水稀释n倍,用RNase-free水将分光光度计调零,取稀释液进行OD260、OD280测定,按照以下公式进行RNA浓度的计算:终浓度(ng/μL)= (OD260)×(稀释倍数n)×40。
- 完整性: RNA可用普通琼脂糖凝胶电泳(电泳条件:胶浓度1.2%;0.5×TBE电泳缓冲液;150V,15分钟)检测完整性。由于细菌中70%~80%的RNA为rRNA,电泳后UV下应能看到非常明显的rRNA条带。细菌rRNA大小分别约为5kb和2kb,分别相当于26S和13S rRNA。细菌RNA样品中最大rRNA亮度应为次大rRNA亮度的1.5~2.0倍,否则表示RNA样品的降解。出现弥散片状或条带消失表明样品严重降解。
- 本试剂盒也可以提取组织细胞RNA,具体步骤可以参考组织细胞总RNA提取试剂盒(去除gDNA)进行。
- 第一次使用前请先在漂洗液RW瓶和70%乙醇瓶中按照标签加入指定量无水乙醇!
- 提取细菌RNA需先配制加了溶菌酶或者lysostaphin的TE(10mM Tris-HCl,1mM EDTA),TE中已加入溶菌酶或者lysostaphin,浓度为1mg/mL。
- 离心收集1~2mL菌液(108~109细胞)到一个1.5mL离心管,尽可能去除上清,注意残留的上清不能超过20μL/每使用100μL TE(见下面步骤2)。
- 根据细胞的种类和数量,充分重悬细胞在100μL(5×108细胞)/200μL(5~7.5×108细胞) TE中(10mM Tris-HCl,1mM EDTA),TE中已加入溶菌酶或者lysostaphin,浓度为1mg/mL,或者直接用TE重悬后,用干净枪头挑取少许溶菌酶加入。
- 室温(15~25℃)温育5分钟/溶菌酶,或者37℃温育15分钟/lysostaphin,破解细胞壁。每2分钟涡旋振荡10秒帮助破壁。
- 各种细菌破壁的难易程度不一样,一般革兰氏阴性菌E.coli使用上面的条件就足够了,,甚至可能省略该步骤,但是某些革兰氏阳性菌如B.subtilis难破壁需要提高溶菌酶浓度到15mg/mL和温育时间到10分钟。如果金黄色葡萄球菌需要加入lysostaphin到1mg/mL,37℃温育15分钟。总之不同细菌类型破壁难易程度不同,有的难破壁的种类需要根据用户自己的具体情况调节酶的种类、工作浓度和温育温度、时间,此外还可以联合使用玻璃珠击打,机械破壁,蛋白酶K消化等方法帮助破壁。
- 短暂离心1分钟收集细胞到管底,吸弃上清。涡旋振荡重悬分散细胞。
- 加入500μL裂解液RLT Plus,吹打混匀后剧烈振荡20秒,充分裂解。
- 一般加入裂解液后充分涡旋吹打后应该见不到明显团块或者不溶物,极少数情况下如果有明显团块或者不溶物可以将裂解物13000rpm离心3分钟,沉淀不能裂解的碎片或者不溶物,将裂解物上清全部转到一个新离心管再进行下一步。
- 立刻将裂解物加入一个DNA清除柱上(清除柱放在收集管内)13000rpm离心30秒,保留滤过液(RNA在滤过液中)。
- 确保离心后液体全部滤过去,膜上没有残留,如有必要,可以加大离心力和离心时间。
- 用微量移液器较精确估计滤过液体积(通常为500μL,滤过时候损失体积应该减去),加入等体积的70%乙醇(请先检查是否已加入无水乙醇!),此时可能出现沉淀,但是不影响提取过程,立即吹打混匀,不要离心。
- 立刻将混合物(每次小于700μL,多可以分两次加入)加入一个吸附柱RA中,(吸附柱放入收集管中)13000rpm离心30秒,弃掉废液。
- 加700μL去蛋白液RW1,室温放置30秒,13000rpm离心30秒,弃掉废液。
- 加入500μL漂洗液RW(请先检查是否已加入无水乙醇!),13000rpm离心30秒,弃掉废液。加入500μL漂洗液RW,重复一遍。
- 将吸附柱RA放回空收集管中,13000rpm离心2分钟,尽量除去漂洗液,以免漂洗液中残留乙醇抑制下游反应。
- 取出吸附柱RA,放入一个RNase free离心管中,根据预期RNA产量在吸附膜的中间部位加30~50μL RNase free H2O,室温放置1分钟,13000rpm离心1分钟。
- 洗脱缓冲液体积不应少于30μL,体积过小影响回收效率。如果需要得到更大浓度的RNA,将离心得到的RNA溶液加回到吸附柱重复洗脱一遍。
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